Vědci objevili záhadný gen v genetickém kódu koronaviru SARS-CoV-2, který je v genomu viru téměř skrytý a stále přehlížen.
Nedávno identifikovaný gen – ORF3d – je příkladem toho, co se nazývá překrývající se gen: druh „genu v genu“, který se účinně skrývá v řetězci nukleotidů díky skutečnosti, že překrývá kódované sekvence jiných genů.
„Pokud jde o velikost genomu, patří SARS-CoV-2 a jeho příbuzní k nejdelším RNA virům, jaké existují,“ vysvětluje bioinformatik Chase Nelson z Amerického přírodovědného muzea.
„Jsou tedy náchylnější k„ genomickému triku “než jiné RNA viry.“
Viry jsou ve skutečnosti velmi náchylné k překrývajícím se genům, takže to není zrovna překvapivý objev. Uvidí se, jestli je ORF3d skutečně genomický podvod, ale stejně je určitě těžké ho vidět.
Překrývající se geny je obtížné identifikovat v genetických sekvencích, protože genomové skenovací systémy je mohou často při skenování linií genetického kódu přeskočit: jsou naprogramovány tak, aby vybíraly jednotlivé geny, ale nemusí nutně vidět zastřešující pokyny společné pro nukleotidy sousedních genů v sekvenci.
Elektronový mikrograf částic viru SARS-CoV-2. (NIAID).
V souvislosti s viry, jako je SARS-CoV-2, to může způsobit vážné slepé místo. Vědci se od začátku letošního roku snaží pochopit co nejvíce o tomto ničivém viru, a přestože byly objasněny některé aspekty jeho genetické struktury (včetně pevné víry, že nebyl ‚vytvořen v laboratoři '), existuje ještě mnoho, co zatím nevíme. .
„Překrývající se geny mohou být jedním z arzenálů způsobů, jak se koronaviry vyvinuly, aby se efektivně replikovaly, podkopaly imunitu hostitele nebo se samy přenášely.“
Pokud jde o ORF3d, stále je třeba se dozvědět více o tom, proč existuje, skrývá se v genomu a překrývá ostatní geny.
Jedna věc, kterou víme jistě o tajemném genu, na základě předchozích krevních testů u pacientů s COVID-19, je to, že ORF3d spouští silnou protilátkovou odpověď.
„Dosud neznáme jeho funkci a klinický význam,“ říká Nelson.
“Ale předpovídáme, že je relativně nepravděpodobné, že by tento gen byl detekován odpovědí T buněk, na rozdíl od odpovědi protilátky.” A možná to má něco společného s tím, jak gen mohl vzniknout. “
Jedna věc je jistá. Pro virus, který má jen asi 15 známých genů, je objev dalšího, nemluvě o překrývajícím se genu, významným pokrokem. Jak důležité je, že se vědci nyní pokusí zjistit.
Výsledky jsou hlášeny eLife.
