Vědci právě oznámili objev nového, neuvěřitelného běžný virus, který žije uvnitř člověka střevní bakterie. Dostal jméno „crAssphage“ a téměř šest častěji než všechny ostatní bakteriální viry dát dohromady. Ale jak se nám to podařilo tak moc nevšimnout čas?
Foto z otevřených zdrojů
Důvod, proč jsme dosud crAssphage nenalezli, je ten, že že jsme nevěděli, že ho musíme hledat. Tak to je znamená.
Zatímco nové technologie sekvencování jsou stále více rychlé a levné, stále mají jednu slabost: oni dobré pro objevování věcí, které již víme ale jsou špatně vhodné pro hledání nových organismů. Kdy vědci studují organický vzorek, ze kterého polévku získají Fragmenty DNA všech živých věcí, které s tím souvisejí vzorek – bakterie, viry a samotná osoba. Pak tyto fragmenty je třeba sestavit v pořadí, které můžeme identifikovat. Pokud najdeme řetězec specifický pro genom některé bakterie – to znamená, že jsme našli tuto bakterii ve vzorku.
Problém je, že pokud to ještě nevíme sekvence nám neznámého viru – nemůžeme detekovat pomocí této techniky. Ale ve skutečnosti je autorem nového Výzkum crAssphage Bas Datil hlásí, že jsou téměř neznámé 75 procent DNA sekvencí ve vzorcích, které studovali.
Tým Datila dokázal najít nový virus pomocí úplně jiného přístup založený na jednoduchém nápadu: fragmenty, které čas od času se vyskytují ve stejném vzorku s vysokou pravděpodobností jsou součástí jediného genomu. Použili tuto techniku tak tzv. křížové sestavení k identifikaci jedné takové skupiny opakující se sekvence ve vzorcích odebraných od 12 lidí. Poté spojili tyto sekvence do jediného genomu.
A dostali přesně to: crAssphage virus, pojmenovaný po něm technika křížové montáže, která vedla k jeho objev. Zjistili, že crAssphage žije uvnitř bakterií – běžná skupina bakterií, které žijí v našich střevech.
V důsledku výzkumu tým našel crAssphage v 75% střevní sekvence lidí v USA, Evropě a Jižní Koreji. Jsme dokud nebudeme vědět, co přesně tyto fágy dělají v našich střevech, ale oni rozhodně hrát roli v našem střevním mikrobiálním ekosystém.
A konečně zajímavý fakt: vědci to spočítali v našem tělo je asi 100krát více virových částic než ve skutečnosti lidské buňky. Takže stále máme hodně práce. zjistit, co skutečně jsme.
Viry DNA
